使用JR北海道铁路周游券，或是使用车票酒店大巴组合的套票，可以完成几项非常具有特色的铁道主题旅行。因为北海道面积广袤，城际、城镇间距离遥远，在不包车、不参团的前提下，自助旅行北海道时，跨地区的主要交通方式还是首选JR列车，以及列车结合巴士、出租车的移动方式，因此几乎任何北海道的特色旅行线路，都离不开JR列车的存在。

3日游路线

札幌-函馆-小樽-旭川-札幌
这条路线可在3日之内完成，使用JR北海道周游券的3日券（价格16500日元）完成此路线，价格可比直接乘车划算很多，首日由札幌乘车前往函馆游览（1天），次日由函馆前往小樽进行游览，可夜宿小樽或札幌（1天），第3天前往旭川，可搭乘旭山动物园号前往旭山动物园游览，并完成当日往返（1天）。

札幌-钏路-川汤温泉-网走-札幌
这条经典的“道东冬季浪漫纪行”路线可在3日间完成，冬季的JR北海道会推出这条路线的套票，届时可前往札幌站等地购买预订，当然也可以使用北海道周游券，来配合自己规划的其他目的地行程。首日可由札幌到达钏路站，并换乘蒸汽机车“SL冬季湿原号”穿过冰封的钏路湿原，前往川汤温泉或标茶站，夜宿川汤温泉（1天），第2天乘坐Twinkle Bus经由屈斜路湖前往知床斜里，再换乘流冰列车前往网走站，并在网走入住（1天），第3天乘碎冰船游览出海观赏鄂霍次克海流冰，游览结束后坐车回到札幌（1天）。

札幌-稚内-利尻礼文-稚内-札幌
这条找北的路线可在3-4日间完成，由于日本本土的最北端和最东端都在北海道，因此前往日本最北端的车站也是火车迷较为心动的事情。首日可到达日本最北端的车站，宗谷本线的终点稚内站（1天），次日前往日本最北端的宗谷岬，前往离岛的利尻岛或礼文岛入住（1天），第3天可返回稚内，进而回到札幌（1天）。如果想要同时游览利尻岛和礼文岛，建议把行程延长一天。

札幌-钏路-根室-札幌
这条找东的路线可在3天完成，由于日本本土的最东端和最北端都在北海道，因此寻找日本最东端的车站也是一个火车迷较为津津乐道的事情。第1天由札幌乘车可到达钏路，并在钏路换车前往根室站（1天），但需要注意的是，日本最东端车站是在根室站的上一站东根室站。第1天到达时天色将晚，可在第2天前往寻找。第2天可前往日本本土最东端的纳沙布岬，前往东根室站（1天）。第3天由根室沿花咲线返回钏路，进而回到札幌（1天）。

7日游路线

冬季：札幌-小樽-登别-白老-室兰-洞爷湖-函馆-札幌
这条路线可以在7-8天内完成，建议抵达札幌后，首日在札幌游览，第2天即刻前往小樽（1天），并在夜晚返回札幌，第3天前往登别或室兰，第3天至第4天之间在登别、白老与室兰（1-2天）逗留，第4天或第5天之间可在洞爷湖温泉游玩（1天），第4天晚上或第5天早上抵达函馆（2天），最后返回札幌游览（1-2天）。

夏季：札幌-小樽-旭川-富良野-美瑛-函馆-札幌
这条路线可以在7-8天内完成，建议抵达札幌后即刻前往小樽（1天），再经由旭川前往富良野和美瑛游览（1-2天），然后直接前往函馆（2天），最后返回札幌游览（1-2天）。

14日游路线

札幌-小樽-新雪谷/喜乐乐/札幌国际/留寿都-旭川-层云峡-美瑛-札幌-洞爷湖-支笏湖-登别-白老-室兰-函馆-札幌

冬季：建议抵达札幌后，首日在札幌游览，第2天即刻前往小樽（1天），既可住在小樽也可在夜晚返回札幌，第3天前往上述滑雪场的任意一个享受滑雪的乐趣，结束后可在当地居住度假酒店，也可以返回札幌市内，泡温泉解除疲惫（1天）。第4天前往旭川市内游玩入住，当然也可以当日抵达层云峡温泉街入住（1天），第5天可选择游览层云峡，可当日返回旭川，也可在第6天返回旭川（1-2天）。第7天在旭川游览或前往美瑛拍摄雪原美景（1天）。第8天返回札幌方向，可直接前往洞爷湖（1天），第9天在洞爷湖游览（1天），第9天晚或第10天早抵达登别、白老与室兰（1-2天），第11天晚或第12天早抵达函馆（2-3天），最后返回札幌游览（1-2天）。

夏季：建议抵达札幌后，首日在札幌游览，第2天前往小樽（1天），既可住在小樽也可在夜晚返回札幌，第3天经由旭川前往富良野和美瑛地区停留（2-3天），第6天结束后可选择前往TOMAMU地区入住，或在札幌聘请导游包车，深夜驱车前往TOMAMU，第7天早上赶在日出前乘缆车观看拂晓的云海，并游览水之教堂等TOMAMU的观光设施（1天），当天返回札幌休整。第8天从札幌前往洞爷湖（1天），第9天在洞爷湖游览（1天），第9天晚或第10天早抵达登别、白老与室兰（1-2天），第11天晚或第12天早抵达函馆（2-3天），最后返回札幌游览（1-2天）。

结合JR北海道铁路周游券，还有很多不同季节，不同周游券种类（3日券、5日券、7日券）的路线组合，JR北海道官网提供了很多结合周游券的经典路线推荐，可供购买北海道铁路周游券的旅客使用，通常来说，使用北海道铁路周游券，出行距离越远，票价越划算，具体可以在做行程时自己计算一下。