修道院由国王若昂一世的警察司令努诺•阿尔瓦雷斯•佩雷拉(Nuno Álvares Pereira,1360-1431)出资于1389年开始兴建。贵族出身的努诺在斐迪南一世去世后率先站出来支持若昂一世继承王位,在1383-1385年葡萄牙空位期危机中始终作为若昂的左膀右臂。在我们前面提到过的1385年那场决定性的阿勒祖巴洛特战役中,就是他率军击溃卡斯蒂利亚军队的。1392年他将这座修道院转交给加尔默罗会,1404年他又将自己的大部分财产捐赠给修道院,1423年在修道院完工之际,他干脆进入修道院从此一门心思修身养性了。为此,2009年他被教宗本笃十六世封圣,被称作圣母玛利亚的圣努诺(São Nuno de Santa Maria)。修道院同样没有逃过1755年的里斯本大地震,其教堂大部分建筑坍塌,5000册藏书全部丢失,只有旁边的回廊保存下来。与其它教堂不同的是,这里没有进行大规模修复,而是保持震后残破的景象,让那场浩劫永远留在人们的视野中。