持有台湾居留证的大陆人仍然是大陆人，只有大陆除籍再加入台湾籍领取了台湾身份证后入出大陆才依照台湾人的规定。
从大陆出发，大陆人必须的证件是大通证与台湾签注以及台湾入境许可证书例如居留证例如入台证，从境外出发只需要台湾许可入境的证书就可以了。
你如果没有大通证与签注，大陆出发空港值机柜台不会给你登机牌的。

首先，台湾和大陆仍处于分治/内战状态，理论上双方互不承认对方执政团队的统治权。目前为了两岸人员往来设置的种种证件、手续，属于便利措施。在此法理基础上：
大陆官方机构，只承认和查验大陆发出的旅行文件；
台湾当局机构，只承认和查验台湾方面发出的旅行文件。
所以，大陆旅客无论是否持有台湾居留证，试图从大陆出关前往台湾的旅客，必须出示大陆同胞赴台通行证及相应的赴台签注。不清楚航空公司在大陆设置的柜台是否可以使用居留证办理值机手续。如果可以，那么还需要向大陆口岸边检出示能证明大通证持有人与居留证持有人为同一人的相关证明材料，且按法理这些材料是边检所能接受的。
同理，大陆旅客返回大陆的时候，大陆口岸也只查验大通证。
至于台湾口岸，既然题主持有居留证，应该比较清楚对方要查验些什么。

啥意思？
从台湾回大陆不需要