你这个行程JR PASS坐不回来的。
1.东京的3天行程可以选择东京地铁72小时券，是1500日元/72小时，成田/羽田机场都有售。如果是成田机场降落还可以选择京成电铁skyliner+地铁72小时券的套票，3500日元，相当于优惠470日元。（羽田有京急套票，但是只优惠了10日元……就没必要专门买了）
2.富士山和箱根，使用箱根周游两日或三日券（从JR御殿场站购买为两日4000日元/三日4500日元），东京新宿到富士山五湖地区的巴士（需要提前网上预定，高速巴士官网https://www.highwaybus.com/gp/reservation/rsvPlanList?lineId=110），1750日元；富士山河口湖到御殿场的巴士票（不管要不要去outlets买买买，都需要先到御殿场，因为富士山没有直达箱根的交通方式），1510日元；御殿场outlets到箱根的直营巴士一天两班，1280日元，或者是小田急箱根高速巴士从JR御殿场车站到箱根是1580日元，从这一段行程开始就可以使用箱根周游券（两种巴士都可以）。箱根周游券官网http://www.hakonenavi.jp/cn/。另外在富士山各个景点之间的交通仍然需要按需要付费。
3.从箱根到京都，需要先坐箱根登山铁路到小田原站，310日元；然后换乘新干线到京都，自由坐席11560日元；京都市内交通购买京都巴士一日券，500日元，3天需要1500日元。京都站有卖巴士券，也可以上车在停车时向司机询问购买。
4.从京都到大阪，需要坐JR，560日元。市区交通可以选择大阪一日车票（大阪一日车票官网http://www.kotsu.city.osaka.lg.jp/foreign/chinese/OsakaTicket.html）800日元，3天2400日元，可乘坐大阪地铁+巴士，还包括数十个景点/娱乐设施的优惠；也可以选择大阪周游卡一日2300日元/两日3000日元（大阪周游卡官网http://www.japan-osaka.cn/osp/ch/index.html），可以乘坐大阪地铁+巴士，还包括数十个景点/娱乐设施的部分免费门票及优惠；还可以单日选择大阪海游券（大阪海游券官网http://www.kaiyukan.com/info/admission/ticket/），2550日元，包括可以乘坐一日地铁+巴士，以及价值2300日元的海游馆门票，还包括数十个景点/娱乐设施的优惠。地铁站都有售。
5.奈良，如果当晚住在奈良，从大阪难波站乘坐近铁到近铁奈良站，直接购票，560日元；如果当日返回大阪，则购买近铁周游券1day（住在大阪难波、日本桥等近铁站附近，1500日元，含奈良地区巴士）或斑鸠一日券（住在大阪各地铁站附近，1650日元，含大阪地区地铁+巴士）
6.从奈良到东京，先坐JR到京都，再换乘新干线到东京，自由坐席13620日元（含JR）；从大阪到东京，新大阪站乘新干线到东京，自由坐席13620日元。
7.东京站到机场，还是要看你是哪个机场了，选择非常丰富。最便宜的应该是京成巴士了，提前预约900日元，不预约1000日元。官网http://honyaku.j-server.com/LUCKEISEIB/ns/tl.cgi/http://www.keiseibus.co.jp/kousoku/index.html?SLANG=ja&TLANG=zhb&XMODE=0&XJSID=0


富士山-箱根有点时间长了，三天的话最合适，也有富士箱根三日周游券可以选择，8000日元，富士山各景点的交通也都包含了，箱根的部分和箱根周游券完全一样。富裕出来的时间可以多在东京玩。
大阪根据自己是否要去玩环球影城、海游馆这两个大景点选择车票（环球的话直接买票就好了，不需要各种一日券），如果不去这两个大景点完全可以缩减为两天，分给京都。