3岁，6岁就不要去京都了，还有大阪城，大人都看不明白日本的历史，小孩懂啥。动物园，牧场，水族馆最好了，日本的牧场和动物园都弄的很好，可以和动物互动，我大人都喜欢。

海游馆0.5天，海游馆门票有和地铁的联票，可以在地铁站长室购买，建议去看看，但买不买要你自己计算后再决定。
大阪城0.5天，如果赶上早樱开的话可以多逛逛园子，那边有个园子里面全是樱花树。
梅田就是大阪站，是交通枢纽。对交通比较在意的话可以考虑住在这边。
心斋桥和道顿堀是商业街，靠走0.5天也能走下来了，要是想买东西和多休息再吃个饭的话，小1天怎么都下来了。
美利坚公园就在神户港，可以和游船安排到一起。
有马离市中心比较远，而且泡温泉的话，住一晚会比较舒服。
伏见稻荷大社——二年坂和三年坂——艺妓一条街可以一条线走下来，算是1天。坂中间有高台寺和真月院，坂走到头有建仁寺，这些地方时间足够都可以看看。
岚山单独0.5天，金阁寺小半天即可。京都可以考虑住到京都站周边，这里相对比较方便。

大阪不去环球影城吗？
3岁6岁娃，强烈推荐京都的铁道博物馆，否则你现在京都列出的都是娃没兴趣的景点

大阪：海游馆，大阪城公园，/大阪儿童乐园，/心斋桥 梅田 难波 道顿堀
京都：伏见稻荷大社，二年坂和三年坂，坻園，/岚山，鸭川，/金阁寺